DEL for DNA和RNA结合蛋白

DNA编码化合物库（DEL）筛选已应用于多种靶标，并有多个候选化合物进入药物开发的不同阶段，但鉴于DEL分子中的DNA标签的存在，DNA或RNA结合蛋白（如转录因子、解旋酶、聚合酶、核酸酶、染色质重塑复合体等）在DEL筛选中的应用仍被质疑。为了解决DEL DNA标签可能的干扰，成都先导在筛选条件优化和数据分析算法方面做出了巨大努力，这些实践加上公司万亿级规模的DEL和十余年的DEL经验，为DNA或RNA结合蛋白的配体发现提供了有力的手段。

转录因子的DEL筛选

转录因子参与多种生物过程，是基因表达调控的重要系统。转录因子通常被认为是具有挑战性的靶标，因为一方面它们通常缺乏内源配体（核受体除外），涉及蛋白-蛋白/蛋白-DNA 的相互作用，另一方面相互作用位点大、平且瞬时。转录因子的DNA结合域可能会结合DEL DNA，从而使DEL筛选变得更加复杂。为了解决这些问题，成都先导在DEL筛选中采用了一系列应对手段，包括使用不同的结构、突变体、选择性靶标、DNA封闭等方法可以去除此干扰因素（图1）。

图1，A）转录因子的作用示意图。B）筛选中用到的不同的蛋白形式。C）代表性转录因子筛选信号和苗头化合物作用。

DNA解旋酶的DEL筛选

DNA解旋酶以ATP依赖性方式解开DNA结构，在DNA复制和修复过程中至关重要。其功能紊乱会导致基因组的不稳定及癌症的发生，因此是一类重要的治疗靶点。DNA解旋酶和DEL DNA的结合也带来潜在的高筛选背景和假阳性信号，通过定制的筛选策略，成都先导对多个解旋酶靶标进行了DEL筛选，发现了不同系列的具有良好选择性的苗头化合物（图2）。

图2，A）DNA解旋酶的作用示意图。B）代表性解旋酶筛选信号和苗头化合物作用。

DNA聚合酶的DEL筛选

DNA聚合酶在链式反应中催化DNA的合成，其突变或功能紊乱与人体多种疾病相关，同时也是抗微生物药物开发的一大药物靶标类型。通过对DNA底物和不同配体的筛选条件的精心设计，我们已经找到了多个具有良好酶抑制活性和选择性的药物（图3）。

图3，A）DNA聚合酶靶点筛选的信号示意。B）代表性筛选信号和苗头化合物作用。

计算方法助力“大海捞针”

将真正结合的小分子从靶点与DEL DNA亲和力所产生的噪音中成功区分出来对配体发现至关重要。我们通过分析DNA标签中具有随机碱基片段的唯一分子标识符（Unique Molecular Identifier）序列以识别靶点样本中特异富集的DNA的片段，从而全面了解整体DNA结合水平。此外，我们还深入研究了DEL分子的结构-信号关系，从而区分出由共同的DNA片段结合而不是小分子药效团富集的信号。这一严格的过程确保能够最大限度地减少假阳性，提高配体发现的精确度。

核酸酶和RNA结合蛋白的DEL筛选

DNA酶会切割DNA，长期以来一直被认为与DEL筛选不相容。经过不懈努力，成都先导通过引入使DNA降解活性丢失的突变体和调控催化所需的特定金属离子，对核酸酶靶标进行了 DEL筛选。

RNA结合蛋白包含RNA解旋酶、RNA酶、RNA依赖的RNA聚合酶以及其他RNA处理/转运蛋白等。通常，可以通过评估RNA结合蛋白的DNA结合亲和力来评估DEL筛选的潜在干扰，在解决了DNA结合蛋白的筛选问题后，RNA结合蛋白的筛选也就迎刃而解了。成都先导也成功筛选了多个RNA结合蛋白靶点并获得活性苗头化合物。

成都先导对核酸结合蛋白的筛选

成都先导处于DEL筛选的最前沿，致力于攻坚挑战性靶点的筛选，提升靶点筛选的命中率。对于DNA和RNA结合蛋白筛选项目，欢迎与我们的筛选专家联系，我们将最大限度地提高配体开发的成功率：

● DNA结合化合物在筛选中被排除

● 涵盖各种靶标类型的综合筛选解决方案 

● 用专有算法对DNA结合导致的假阳性进行二次排查

● 久经考验的筛选经验和成功案例