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导读:10月2日,辉瑞官网发布文章《Pharma Peers Unite to Build DNA-Encoded Libraries》介绍(链接附后),阿斯利康、百时美施贵宝、强生、默沙东、辉瑞、罗氏等国际药企携手成都先导组建全球首个DNA编码化合物库(DEL)联盟,旨在通过创新合作模式,共享资源,更加高效地构建DEL库,分享构建DEL库的最佳实践,加速推进药物发现与开发。DEL联盟汇聚各方优势资源,将持续构建更具价值、更加多样化的DEL库,并有效促进DEL技术的创新迭代,同时加速药物创新,最终惠及全球广大患者。
成都先导是DEL技术开发及其在小分子新药研发领域应用的全球领导者,凭借自身技术专长与丰富经验,作为唯一服务供应商加入DEL联盟,为联盟的DEL建库项目提供支持。
原文链接:
https://www.pfizer.com/news/articles/pharma_peers_unite_to_build_dna_encoded_libraries
以下为中译版供读者参考:
制药公司联盟构建DNA编码化合物库(DEL)

在药物发现过程中,寻找工具和苗头化合物的难度不亚于大海捞针。就在研究人员Sylvie Sakata几乎要放弃DNA编码化合物库(DEL)这一药物发现工具时,一个新的联盟出现带来了转机。DEL技术在发现新的苗头化合物方面潜力巨大,对早期研究工作会产生指数级的积极影响,从而极大促进潜在新药的开发。现在,DEL技术正在吸引越来越多的关注。
Sakata是辉瑞药物设计团队的外部研究解决方案主管。她在辉瑞位于美国加州的La Jolla研究中心领导一支全球性的科学家团队,与药物设计团队的其他同事一起,负责探索DEL技术,以加速推进早期的药物发现进程。
从概念上讲,DEL技术非常出色。科学家们构建一个由数百万甚至数十亿个化合物组成的化合物库,其中的每个化合物都被打上一个独特的DNA“条形码”。然后,科学家们对化合物库进行筛选,并通过“扫描条形码”来确定阳性结果,以识别出有望进一步开发成药物的化合物。通过这种超高通量的方法,科学家能够在多种条件下同时筛选数十亿种化合物。相比之下,传统的筛选方法则需要对每种化合物进行单独合成与测试,或者只能在较小的通量下进行测试。
新兴技术的价值总是需要经过验证,DEL技术也不例外。在初期,一些人对于发展DEL技术能力的投入是持保留意见的。
辉瑞药物设计部主管Patrick Verhoest承认,对于DEL技术能否产出影响辉瑞产品管线组合的成果,他曾持怀疑态度。但在了解了辉瑞内部DEL平台团队的经验和合作项目之后,他很快就看到了DEL的潜力。他表示:“DEL技术的应用现在已经纳入了我们的苗头化合物发现策略之中。此外,我们还需要拓展DEL库的多样性,并通过经济有效的方法获取新的DEL库。加入DEL联盟让我们一举两得。”
构建DEL库的挑战
Sakata表示:“DEL技术的主要优势之一是在不同的蛋白质结构和筛选条件下能够高效筛选数十亿种化合物,从中寻找匹配的化合物。但对于我们而言,如何构建一个可用于筛选的DEL库是一项巨大挑战。”通常,各家公司都会建设自有的化学库。但如果要沿用这种做法自建DEL库,公司需要购买或合成库中的所有骨架和分子砌块,合成DEL,并且承担从设计到交付的所有成本。这个建库过程不仅可能耗资数百万美元,还会占用关键资源,而且需要数年时间才能完成。
此外,刚接触DEL时,Sakata的团队还遇到过一系列技术上的挑战。Sakata说:“作为构建DEL库的新手,我们确实面临一些成长的烦恼。通过几次不同的合作项目构建DEL库之后,我们开始怀疑自己是否有能力独立开发这项技术。为了让DEL技术更加有效,我们需要拓展库分子的多样性。”
开辟通往联盟之路
行业中的其他研究人员也面临着类似的难题。他们与Sakata有着同样的担忧。
强生创新制药执行董事、药物发现化学部全球负责人Zhicai Shi解释说:“DEL合成需要考虑分子砌块和骨架的多样性与可获得性,还需要找到与DEL兼容的化学方法,并确保能获取到合适的资源,这个过程充满了挑战。单个公司仅凭一己之力往往难以实现。”
不过,与Sakata一样,他们也相信DEL技术在加快新药筛选过程方面大有可为。因此,Sakata与同行们愿意尝试一种新的途径:组建DEL联盟,合作构建DEL库。
Sakata介绍:“如果我们能够筛选不同的化学空间,DEL筛选的价值会得到提升。DEL联盟能够汇集各成员的分子砌块资源来构建DEL库,其多样性远超任何一个成员单独所能实现。此外,成员之间还能分享构建DEL库的化学知识和设计思路,从而构建更加高产的化合物库。事情进展得非常快。”DEL联盟于2022年10月启动。专注于DEL技术开发及其应用的成都先导作为服务供应商,为联盟的DEL建库项目提供支持。
Sakata表示:“成都先导不仅帮助我们实现了这个项目的落地,还为建立和发展联盟活动提供了基础设施和资源。”
自成立以来,DEL联盟已经设计、构建了7个DEL库,并有一系列未来需要构建的化合物库正在规划中。
Sakata把DEL联盟比作“百家宴”,她说:“与自己做饭独自享用不同,我们把食材集中起来,大家分工合作烹制一桌佳肴。如此,大家能够品尝到邻里间的不同美味,还能相互学习未曾尝试过的新菜式。”
推动全行业参与
DEL联盟的成立标志着制药公司之间扩大合作迈出了重要一步。
Sakata说:“制药公司共享原始研究材料和科学工具专业知识,这在二十年前是绝不可能发生的事。而今天,DEL联盟让这些得以实现。当下,越来越多的行业参与者正在认识到通过竞争前合作共同推进新兴技术发展的价值。”
“竞争前合作”是指联盟各成员共享构建联盟DEL库的预算、购买用于建库的商业或非商业分子砌块,以及开发新DEL库的想法;但不涉及靶点信息、任何药物开发具体细节,以及各自将如何利用联盟DEL库的计划。
“自从DEL联盟成立以来,我们已经收到了许多其他同行公司有意加入的询问。”Sakata强调说道,“他们看到了联盟的价值,希望加入其中。”
默沙东发现化学部总监Jack Scott表示认同:“DEL联盟的成立是同行之间分享DEL库构建最佳实践的一种创新方式。联盟将继续发展,并致力于构建更加多样化的DEL库。”
DEL联盟拥有无限可能。
Sakata表示:“我们可以开发覆盖特定化学空间的聚焦化合物库,可以分享构建DEL库的最佳实践和经验,同时正在研究如何利用机器学习(ML)来消除假阳性。我们正处于DEL技术领域的转折点,还有很多尚待探索和学习,我迫不及待地想看到下一步进展。”
DEL联盟成员
阿斯利康;百时美施贵宝;强生;默沙东;辉瑞;罗氏;DEL服务供应商:成都先导