DEL for RNA靶标配体发现 发布时间：2023-08-15

虽然传统上蛋白一直是药物发现的主要靶点类型，但现在这个领域正在迅速发展和变化。由于RNA干扰技术的进步和像Risdiplam这样的小分子药物的开发，RNA靶标逐渐引起了人们的重视。尽管RNAi药物取得了进展，但由于小分子独特的优势，如细胞渗透性、稳定性和能够调节广泛生物学目标的能力，小分子仍然是药物发现中的重要组成部分。然而，将DNA编码库（DELs）这种强大的小分子配体发现工具应用于RNA靶点仍存在不少挑战。成都先导的DEL技术处于这些努力的前沿，引领DEL技术在RNA靶标的小分子配体的发现上的应用。

图1, 靶向RNA的小分子药物发现（根据机制和RNA类型分类）

RNA的DEL筛选：当前的挑战

-RNA结构的动态性质：众所周知，RNA分子具有动态特性，通常会形成复杂的二级和三级结构。这些结构会受到某些DEL筛选缓冲液的影响，使得某一种构象比其他构象更稳定。这可能会导致筛选富集信号来源于某种生理条件下并不会广泛存在的RNA构象，因此这些信号很难在下游实验中被验证。

-DNA标签与RNA靶标之间的相互作用：DEL依靠基于亲和力的方法发现配体。然而，DEL的DNA标签与RNA靶标之间的相互作用会产生大量假阳性信号。这个由于DNA与RNA相互作用带来的干扰，阻碍了DEL在RNA靶标配体发现上的广泛应用。

-未充分开发的RNA配体化学空间：与蛋白结合分子相比，人们对与RNA结合的化合物化学空间了解相对有限。RNA配体的化学空间在很大程度上仍未得到充分开发，这为鉴定RNA靶点的有效小分子配体带来了挑战。

成都先导的DEL技术：引领RNA靶标的小分子配体发现

成都先导的DEL技术旨在克服这些挑战，并使RNA靶标的小分子配体发现变得有效。我们的方法包括：

•综合评估不同筛选条件下的RNA构象：在筛选实验之前，我们使用基于测序的方法对不同条件下的RNA结构进行评估。这使我们能够识别和选择对RNA折叠影响较小的筛选条件，确保在筛选过程中RNA靶标结构的前后一致性。

•创新的筛选和信息学方法来控制DNA:RNA相互作用在DEL筛选过程中的干扰：我们使用诸如添加竞争寡核苷酸，竞争性洗脱等策略，结合我们的专有算法来消除DNA:RNA相互作用的影响。

•成都先导的万亿级化合物库：成都先导的万亿级化合物库化学空间巨大，针对RNA靶标，并未将RNA配体的结构限制在传统意义的化学空间上，增加了发现靶向RNA小分子配体的可能性和多样性。

•合作和透明的伙伴关系：在成都先导，我们相信合作的力量。我们与合作伙伴紧密合作，以确保RNA项目的成功。透明的合作方式意味着我们与合作伙伴公开分享数据，以加速发现并推动项目进展。

DEL筛选小分子靶向RNA的案例展示

我们的平台已经在RNA靶标的小分子配体发现中验证了良好的结果。我们还在《Nucleic Acids Research》杂志上发表了本文中提到的详细方法（Nucleic Acids Res. 2022 Jul 8;50(12):e67.）。以下是我们成功项目的一些例子：

•结合E. coli FMN Riboswitch的小分子化合物：FMN riboswitch是一类通过响应环境变化来调节基因表达的RNA元件，从而在控制细菌生长中起着关键作用。我们的平台已经成功地识别出靶向E. coli FMN riboswitch的新型小分子化合物，这些化合物与阳参ribocil C相比作用相当（图2）。这些发现不仅验证了我们针对RNA靶标的DEL筛选方法，同时也为抗菌剂开发开辟了有效的新途径。

图2 ，A-C)DEL筛选的代表性富集信号和DEL分子结构，D) DEL鉴定的苗头化合物的ITC和FMN竞争结果。

•高选择性的RNA小分子化合物：在一个合作项目中，通过精巧的设计和条件优化，以及选择性靶标的平行筛选，我们成功找到了特异结合RNA靶标的小分子配体，且配体显示出了对特定RNA（单碱基差异）的选择性。因为此合作项目的保密性目前数据未公开，但这是我们平台在应对RNA配体发现复杂挑战能力的一个见证。这次项目体现了我们与其他平台合作的能力，对保密性和数据安全的重视，同时取得了显著的结果。

成都先导的DEL技术提供了RNA靶标小分子配体发现的无限可能。联系我们的专家团队，帮助您解锁RNA靶标在药物发现项目中的全部潜力。